FAUNE & FLORE
Malgré plusieurs marées noires et accidents de mer aux conséquences écologiques graves, malgré de nombreux dégazages et la surexploitation de certaines ressources halieutiques (dont les sardines qui ont fait vivre jusqu'à 8000 personnes dans la Baie de Douarnenez au 19 et début du 20 ème siècle), grâce à ses puissants courants, à un trait de côte découpée et à des fonds marins variés, la mer d'Iroise est constamment brassée, fortement oxygénée et riche en plancton, ce qui en fait un endroit idéal pour le développement d'une faune et d'une biodiversité très riches. La mer d'Iroise est ainsi réputée pour ses bars et tout particulièrement pour ceux du Raz de Sein pêchés au milieu des courants. La mer d'Iroise abrite encore deux troupeaux de dauphins d'une vingtaine d'individus: l'un dans l'archipel de Molène et l'autre autour de Sein et on croise de temps à autre une baleine, un requin pèlerin ou un poisson lune. Il n'est pas rare de voir des dauphins accompagner les bateaux. L'archipel de Molène abrite encore une soixantaine de phoques qui trouvent là la limite sud de leur habitat.
Ouessant est une vaste zone naturelle où l'extension de l'habitat reste restreinte et où les interventions de l'homme sont limitées aux secteurs habités. Depuis 1969, l'île est intégrée au parc naturel régional d'Armorique, avant que l'archipel de Molène et l'île d'Ouessant soient classés "réserve de la biosphère de la mer d'Iroise" par l'Unesco en 1988.
Réserve ornithologique très importante, Ouessant abrite en permanence 150 à 200 espèces d'oiseaux et en voit passer plus de 400 lors des migrations. L'île constitue le meilleur site français pour l'observation automnale des oiseaux sibériens et de nombreuses variétés exotiques. Quantités de passereaux nord-américains survolent l'île, comme le pouillot à grands sourcil, le gobe-mouche nain, le bécasseau tacheté, la grive mauvis, le goéland à bec cerclé, le chevalier grivelé, sans compter les millions de rouge-gorge. Le grand Gravelot, la sterne, le pétrel, et le fou de Bassan traversent aussi le ciel d'Ouessant. Certaines familles demeurent une semaine, et d'autres se contentent d'une courte escale. Les hauts des falaises sont fréquentés par le Traquet motteux, le Crave à bec rouge, une espèce en large déclin dans toute l'Europe, dont seule une trentaine de couples se maintiennent sur l'ensemble de la Bretagne.
Les fonds marins comprennent quelques spécimens d'orques, de grands cachalots et des groupes de dauphins. De temps en temps, une tortue-luth s'aventure autour de l'île. Une colonie de phoques gris habite dans les îlots déserts et sauvages. Elle est peu importante mais se reproduit suffisamment pour subsister. La flore marine présente aussi une grande diversité, avec une variété de peuplements d'algues, les laminaires, que l'on découvre lors des basses marées et, sur les rochers, une petite algue moissonnée en été, la pioca, utilisée dans l'industrie alimentaire.
S'adaptant aux rudes conditions climatiques de l'île, la végétation s'installe à même la roche, comme les lichens noirs, gris ou orangés, ou entre les fissures des blocs rocheux, telles que la criste marine ou la cochléaire. Le sommet des falaises est garni d'une pelouse rase (le silène maritime blanc, l'armérie rose, la scille bleue), ainsi que de quelques plantes rares, comme la Centaurée maritime, l'Ophioglosse du Portugual, ou l'Isoete, une petite fougère primitive protégée à l'échelle nationale. Ces endroits se révèlent très fragiles. Soumise aux vents violents, aux embruns, la couche de terre réduite est très vulnérable au piétinement. En s'éloignant des falaises, quelques zones humides sur un sol tourbeux présentent des roseaux et une grande fougère protégée, l'osmonde royale.